Korn and London Grammar

Сижу делаю очередные лекции второкурсникам Keele University по биостатистике (для Neuroscience programme веду часть модуля Neuroscience Research Methods). Лекций много, материала хочу затронуть много и объяснить всё доступно, а времени мало. Ну ничего - не впервой push before deadlines

Ну а в редкие минутки отвлечения посмотрел, чтобы там новенького можно послушать. Быстро нашел это вполне качественное "мясо" - новинка от Korn.



И это новенькое от London Grammar - California Soil.



Вообще Hannah Reid - это видимо Kate Bush современности. Особенно хороша live.



Инджой if you dig it!

Пост памяти Джеймса Рэнди

В возрасте 92 года умер Джеймс Рэнди. В такие моменты становится особенно грустно, что мы еще не придумали лекарства от старости. Уже давно пора это исправлять.

Джеймс Рэнди был не только крутейшим фокусником, но и известным разоблачителем псевдонауки. Его фонд предлагал премию в миллион долларов за демонстрацию паранормальных способностей. Он провел кучу экспериментов с участием астрологов, экстрасенсов и лозоходцев, но никто так и не смог продемонстрировать заявленные умения.

Прикладываю лекцию Рэнди на TED, где он живо и доходчиво объясняет, почему гомеопатия не работает, а экстрасенсов не существует. Очень умный и интересный был человек.



Пролет над Юпитером

Ютубчик доставил симпатичное видео пролета "Юноны" над Юпитером:



В середине видео появляется Большое Красное Пятно, оно размером примерно с Землю.

Разговор Павла Чикова и Сергея Гуриева о необходимых реформах правоохранительных органов

"Экономисты часто спорят друг с другом. Но есть и вопросы, по которым у экономистов консенсус. Например, они соглашаются с тем, что главные проблемы российской экономики — неэкономические. В России «плохой инвестиционный и деловой климат» и «неразвитые политико-правовые институты». В переводе с научного языка это означает, что одним из главных препятствий для экономического роста является неэффективная, коррумпированная и неподотчетная правоохранительная система. Что (же) делать правоохранительными органами? Сергей Гуриев поговорил с руководителем Международной группы «Агоры» Павлом Чиковым. Больше 15 лет Павел и его коллеги защищают права российских граждан — в том числе и от произвола силовиков."

Павел Чиков - человек примерно моего поколения (всего на 3 года меня старше). Он уже лет 20 занимается активной правозащитной деятельностью. Знает систему правоохранительных органов, законодательство и правоприменительные практики в РФ не понаслышке. Многие годы был активным участником Совета при Президенте РФ по развитию гражданского общества и правам человека (2012-2019), что уже говорит о много (увы, теперь он не там, т.к. в прошлом году его, Шульман и многих уважаемых людей типа Т.Г.Морщакову "ушли" из Совета, а во главе поставили лизоблюда Фадеева - впрочем сейчас совет этим выхолощен). Но Павел продолжает свою деятельность - пожелаем ему сил и удачи.


Магнитный компас и магнитное чувство у муравьев (и других перепончатокрылых Hemenoptera)

Относительно недавно у муравьев Cataglyphis (вот так примерно они выглядят и живут сообща в подземных гнездах, собирая вокруг упавших на землю насекомых) обнаружили магнитное чувство.





У этих муравьев описали поведение, указывающие на использование ими направления геомагнитного поля для калибрации их навигационного механизма path integration (это примерно тот механизм, который используете вы, когда вы возвращаетесь на лесную полянку, с которой начали сбор грибов/ягод, запоминая все направления и повороты во время удаления с места старта). Проще говоря, муравьи этого рода (а возможно и другие) обладают магнитным чувством, механизм которого пока не понятен, но уже есть доказательства того, что магниторецепция у них есть.

Обнаружили это по стереотипному look-back-home поведению ищущих пищу муравьев (пояснения на картинке)




Обзор последних находок в этой области в статье ниже

Fleischmann, P. N., Grob, R. & Rössler, W. 2020 Magnetoreception in Hymenoptera: importance for navigation. Animal Cognition. doi: 10.1007/s10071-020-01431-x.

The use of information provided by the geomagnetic field (GMF) for navigation is widespread across the animal kingdom. At the same time, the magnetic sense is one of the least understood senses. Here, we review evidence for magnetoreception in Hymenoptera. We focus on experiments aiming to shed light on the role of the GMF for navigation. Both honeybees and desert ants are well-studied experimental models for navigation, and both use the GMF for specific navigational tasks under certain conditions. Cataglyphis desert ants use the GMF as a compass cue for path integration during their initial learning walks to align their gaze directions towards the nest entrance. This represents the first example for the use of the GMF in an insect species for a genuine navigational task under natural conditions and with all other navigational cues available. We argue that the recently described magnetic compass in Cataglyphis opens up a new integrative approach to understand the mechanisms underlying magnetoreception in Hymenoptera on different biological levels.

"Нормальность близко - руку протянуть"

Из свежего интервью Сергея Медведева (известный журналист, в очень недавнем прошлом - профессор ВШЭ) и Сергеем Гуриевым на VTimes (команда, ушедшая из Vedomosti после прихода туда нового редактора)

"С.М: Нам нужен свой Саакашвили. Достаточно буквально несколько человек, чтобы они внедрили некий этический кодекс, при котором люди не будут пользоваться традиционными ништяками российского государства – льготы, коррупция, закрытость, спецраспределители и так далее. Понимаете, главное мое ощущение от России – нормальность очень близко: вот она, протяни руку. Но протянуть руку мешает мифология: а в России всегда брали взятки, у нас имперская страна, мы всю жизнь воевали с Западом. И вот русские люди живут буквально на расстоянии вытянутой руки от нормальности, но заперты в клетке из мифов, из которой никак не могут выбраться... Но посмотрите, что в Белоруссии происходит: люди просто встали и вышли. Белоруссия тоже находится в шаге от нормальности. Как и Советский Союз в 88–89 гг. – оказалось, что наше будущее очень близко, но мы боимся протянуть к нему руку."

У Шульман эта мысль про "полтора обората, которых не хватает" тоже проскакивает, но она чуть менее идеалистичная. Ну вот отсюда к примеру.

"Е.Ш.: Мне очень приятно, что вы запомнили эту мою мысль. Она мне дорога. Эта мысль о полутора оборатах, которых не хватает. На первый взгляд она может показаться избыточно оптимистичной. На самом деле когда в нее вдумаешься, именно это способно свести с ума. Приятно находиться в состоянии унылой безнадежности, которое говорит, что "Всё тут не так. И народ тут не тот.  И система не такая. Только снести до основания, а потом у как нибудь. Кто там о чем мечтает. Люстрация. Репарация. И прочее тотальное покаяние. Тут уже на чистой площадке строить что-то новое.  Это приятное состояние потому что, во-первых, оно дает индульгенцию на твое бездействие. Потому что нечего заниматься ерундой и по мелочам страдать, потому что понятно, что всё ужасно и не так. А с другой стороны [эта мысль] дает тебе надежду, что когда-то случится страшный суд, а уж после него праведников возьмут в жизнь вечную. Но когда ты понимаешь, что мы не на территории с аномальным населением, а на территории с аномальной администрацией. И даже эта аномальная администрация не то что бы такая аномальная, что бы их гуманно усыплять хлофоромом, а на самом деле небольшая системая подкрукта далает их вполне работоспособными государственными служащими. Когда ты понимаешь, что это всё довольно легко делается, но при этом этого не происходит и время уходит напрасно. В никуда."

В этих рассуждениях я вижу вот какую недоговоренность у уважаемых профессоров и доценток:

1) Относительно легко построить заготовки институтов, например из монархии мы таки перешли, после двух попыток (1905-1912 гг и затем уже в 1993 г.-сейчас), к парламентам. Сложнее сделать эти институты по-настоящему работающими, что "действительно место для дискуссий". Это как если начать бегать по сравнению с "побить рекорд для данной дистанции". После начала тренировок ты быстро наращиваешь результаты, т.к. начал с низкой базы, но вот приблизиться к хорошему временному результату для марафона очень сложно, т.к. там улучшение на каждую минуту если не секунду - это огромная работа по оптимизации и отлаживанию. Легко создать партии-пустышки под очередные выборы - сложнее получить реальную партийную систему, когда выборное законодательство не меняется под партию власти под каждые выборы, когда партии имеют реальное представительство, когда партии многие десятилетия имеют стабильных сторонников (семейные традиции голосовать за республиканцев или тори или лейборс или CDS и т.п.). Когда у партий налажена региональная инфраструктура штабов, идет сбор нехилых денег на кампании. Есть институт политтехнологов и прочая и прочая.

В целом-то я согласен, что нормальность близко - руку протянуть. Но есть фундаментальные причины, почему рука так долго не протягивается или не дотягивается. Например, я считаю, что для устойчивой партийной системы нужен широкий средний класс НЕ сосущий рентные доходы из единого источника. Но такой класс выращивается десятелетиями роста, которые к тому же идет с непостоянной скоростью (к примеру, в России за последнюю декаду рост около 1%, что конечно равносильно его отсутствию, т.е. 10 лет было просто потеряно). Для того, чтобы выйти на траекторию роста, нужно сочетание реформ и после них - наступление глобальных условий, когда рост идет по всему EM (в пандемию это рост просто везде замедлен). Для реформ экономических нужны реформы политические, которые могут быть замедленны или повернуты вспядь определенной администрацией на очень долгий период. Ну вот поэтому и не протягивается рука.

Короче, в таком limbo с "плодами, высящими над головой" можно прожить десятилетиями и столетиями, двигаясь конечно вперед, но не так быстро, как всегда хочется. И видимо честное признание такой возможности (которая кстати реализовалась многими странами в предшествующие столетия) отталкивается сознанием куда-то в сторону ибо неприятно допускать такую мысль.

2) В настощей жизни нет упрощенных противопоставлений единых сущностей типа "(не)аномальная администрация" vs "(не)нормальное население". И администрация, и население неоднородны. В разные части администрации рекрутированы разные части населения и наоборот. Среди любой администрации есть разные части с разными интересами и для конкретного человека только часть этих групп, а не все, представляются "своими". Так среди любого "населения", хоть России, хоть UK, хоть США. Нет единой организационной, ценностной или иной субъектности ни у одного, ни у другого. Академики не любят фсбешников и хотят больше научных бюджетов, а МВДешники хотят расширить свои полномочия, забрав их у ФСБшников. Т.е. субъектностей много, но не у всей "администрации" или "народа", а у малых частей оных (конкретные СК или ФСБ или МЧС со своими начальниками и их интересами пролоббировать конкретные законы и привилегии или конкретные люди, объединившиеся для защиты сквера в городе N).

3) Вполне может быть, что более организованное меньшинство в "администрации" может иметь неадекватно большое влияние очень долгое время, находясь в устойчивом равновесии с другими субъектами. Например, силовики Мадуры, которым видимо подзволено кормиться на наркотрафике, защищают просравшего страну Мадуру с 2014 г. и конца этому не видно (он конечно будет, как и у всего, но могут быть еще годы). Это меньшинство просто более организовано, чем все остальные субъектности и еще долго может оставаться таким. Поди что-то с этим сделай, но ложиться грудью мало. Будь я венесуэльцем с хорошим образованием и transferable skills, я бы конечно не стал воевать с правительством, а уехал за лучшей жизнью, что и сделали миллионы. В результате равновесие "всё плохо, но хрен что изменишь" продолжает сохраняться. Похожая ситуация в Белоруси - силовики, пусть их и меньшинство и даже у них нет полного единства, всё же обласканы Батькой, с неплохими зарплатами и пенсиями и уже боятся быть наказанными за избиения лета 2020 г. в случае его свержения, а кооптировать их "на сторону народа" очень непросто (какие гарантии ты им дашь? они будут малого стоить т.к. нет субъектности, а придет ли условная Тихановская к власти х.з., думает любой генерал или КГБшник в РБ). В итоге потерявший реальную поддержку президент с гвардией могут удерживать страну в таком состоянии еще годы. Вот тебе и "руку протяни". Поседеешь и уйдешь в могилу, пока "тянешь руку", поэтому ну его на хрен.


ЗЫ: Когда ты слишишь "просто сделай это и то", вспоминай нужный статус в VK "всё сложно"

Популярная подборка Meduza про свежие Нобелевские премии по физике и физиологии (биологии)

По физике - за открытие черной дыры в центре нашей галактики Млечный Путь
Читать здесь

По физиологии
За описание и изучение вируса Гепатита C
Читать здесь

По химии объявили вот только что
За разработку методов редактирования генома
и материал Meduza еще пишет (добавлю потом если не забуду)
portret
  • shvarz

Коктейли моноклональных антител

Напишу коротенький ликбез о том, что это за чудо такое, которым даже вот полечили Трампа, хотя FDA пока не выдала даже экстренное разрешение на использование.

Выработка антител
Все слышали, что в ответ на инфекцию вырабатываются антитела, но не все наверно знают, откуда эти антитела в организме берутся. В нашем геноме нет гена ни одного антитела, но в нем есть набор кусочков генетического кода из которого можно ген антитела собрать. Когда одна из клеток становится B лимфоцитом, то в ней специальные ферменты нарезают эти кусочки, бОльшую часть случайным образом выкидывают, и собирают из оставшихся ген антитела. Поскольку кусочков для каждой части антитела очень много, то существует очень много вариантов собрать из них ген антитела. В дополнение к этому в ген антитела встраиваются также случайные кусочки, что еще больше увеличивает разнообразие возможных вариантов, и поэтому в каждом B лимфоците ген антитела получается уникальным. Заметьте, что таким образом геном каждого B лимфоцита в вашем организме отличается от вашего "основного" генома.

Поскольку процесс сборки гена антитела из фрагментов во многом случайный, то как минимум в 2/3 новых лимфоцитов получается не ген антитела, а какая-нибудь ерунда. Иммунная система проверяет все новые B лимфоциты, иногда дает им еще один шанс собрать антитело, и если антитело так и не собралось, то они умирают. Во многих случаях в результате сборки получаются антитела, которые связываются с собственными белками хозяина - такие B лимфоциты тоже умирают. B лимфоциты с успешно собранным антителом какое-то время живут (недели-месяцы), но если они не находят мишени с которой их антитело связывается, то и они тоже умирают, чтобы дать место новым B лимфоцитам с новыми генами антител. Этот процесс идет в нашем организме постоянно с самого рождения и всю жизнь.

Поликлональные антитела
Если же антитело нашло мишень (например связалось с белком S) на поверхности вируса, то происходят две вещи. Во-первых такой лимфоцит активируется и начинает активно делиться. Во-вторых, в его потомстве идет направленный мутагенез - специальные ферменты намеренно мутируют именно ген антитела (даже так - именно определенные части этого гена), чтобы произвести множество новых близкородственных вариантов этого антитела. Эти варианты конкурируют между собой и лимфоциты, чьи антитела связываются с вирусом сильнее - выживают и размножаются, а те лимфоциты, чьи антитела хуже связываются с вирусом - умирают.

Если лимфоциту повезло и ему достался очень хороший вариант антитела (который очень хорошо связывается с вирусным белком), то он активно размножается. Все его потомство происходит от одной начальной клетки и генетически идентично. Это и называется "клоном". Таких клонов в ответ на каждую инфекцию появляется множество и каждый производит свое антитело. Поэтому когда мы берем сыворотку крови, то она содержит антитела от большого множества клонов - это "поликлональные антитела". У поликлональных антител есть свои преимущества - они содержат множество самых разных антител, каждое из которых атакует немного иную часть вируса и имеет уникальные свойства. Но есть и недостатки. Во-первых, поликлональные антитела приходится получать от переболевших волонтеров и поэтому их невозможно наработать в промышленных масштабах. Во-вторых, иммунная система не умеет отличать нейтрализующие антитела от не-нейтрализующих, она смотрит лишь на связывание, поэтому среди всех этих антител возможно есть нейтрализующие антитела, но скорее всего они составляют лишь небольшую часть от всех антител и этого может не хватать для нейтрализации вируса. Поэтому хорошо бы иметь возможность выделять антитело от индивидуального лимфоцита.

Моноклональные антитела
Раньше получение моноклонального антитела это была очень сложная технология, требующая кучи работы и массу времени. Однако сравнительно недавно (лет 10-15 назад), появились технологии позволяющие сделать это намного быстрее (разница на порядки). Есть разные методы и технологии постоянно совершенствуются, я расскажу лишь об одной из них.

Берут образец крови у человека переболевшего некой болезнью, в данном случае коронавирусом. Очищают лимфоциты и потом добавляют к ним помеченный белок против которого хотят найти антитела, например белок S от коронавируса. Если B лимфоцит производит антитело, которое связывается с белком S, то он через это антитело "поймает" помеченный белок и таким образом этот лимфоцит сам окажется помечен. Все лимфоциты проходят через машину, которая "смотрит" на каждую клетку и если она "помечена", то машина складывает ее в отдельную ячейку на плашке, а если нет, то выбрасывает. Таким образом из одного образца можно получить сотни или даже тысячи B лимфоцитов с антителами к белку S. Работают с этими клетками не вручную, а используя роботов. Ко всем этим лимфоцитам робот добавляет специальные реагенты, которые стимулируют их деление и таким образом из одной клетки в ячейке образуется несколько десятков или сотен клеток, которые производят одно и то же антитело. Произведенного ими антитела достаточно чтобы протестировать, может ли это антитело нейтрализовать вирус (это тоже все делается роботами и данные считываются автоматически). По результатам этого тестирования можно определить, какие из лимфоцитов производят нейтрализующие антитела к вирусу.

После этого можно выделить ДНК из клеток из соответствующих ячеек, и с помощью ПЦР наработать достаточно ДНК именно гена соответствующего антитела. Этот ген потом можно заклонировать, наработать, изучить и (если результаты подтвердятся) ввести в специальные продуцирующие клетки - и вот вы имеете в довольно больших количествах моноклональное антитело, т.е. антитело произведенное одним клоном B лимфоцитов.

Эффективность моноклональных антител
Первым и долгое время единственным лекарством на основе моноклональных антител было антитело против вируса RSV, его вводили недоношенным новорожденным для предотвращения инфекции этим вирусом. Сейчас моноклональные антитела - одна из самых горячих областей новых разработок в медицине. Для чего их только не пытаются использовать, и для рака, и для астмы, и для ВИЧ.

При использовании моноклональных антител против вирусов возникает несколько проблем. Во-первых, многие вирусы умеют хорошо избегать антитела и появляются устойчивые к антителам мутанты. Поэтому приходится использовать несколько антител сразу (так называемые "коктейли" из 2-4 антител), чтобы уменьшить вероятность устойчивости. Во-вторых, антитела нейтрализующие вирус в культуре не всегда работают в организме. Например, когда несколько лет назад была эпидемия Эболы, то в одном испытании тестировали четыре разных коктейля антител, из которых только один сработал хорошо (от компании Regeneron), два ЕМНИП не сработали вообще, а один работал, но не очень хорошо. В-третьих, антитела приходится вводить на очень ранней стадии инфекции, когда вируса еще довольно много, но когда еще непонятно кто заболеет серьезно, а кто нет. И введение их - процедура непростая, это обычно капельница которая в течение нескольких часов вливает вам 100-300 мл антитела. Для Эболы это было оправдано, потому что серьезно заболевает большинство зараженных.

На крыльях успеха после разработки коктейля против Эболы, Regeneron сразу же взялся разрабатывать коктейль антител против коронавируса. Рассмотрев несколько альтернатив, они выбрали два антитела. Сравнительно небольшое (меньше 300 человек) клиническое испытание закончилось буквально на днях и на мой взгляд показало довольно средненькие результаты. Среди волонтеров с довольно мягким протеканием болезни (без госпитализации), они сократили время до исчезновения симптомов с 13 дней до 8 дней (только среди тех волонтеров у которых было мало своих антител к вирусу) и раза в два уменьшили количество вируса. Что несколько странно - большая доза антител сработала хуже чем меньшая доза. Т.е. какая-то польза есть, но это точно не панацея. На основании этих результатов пока FDA даже не спешит выдавать разрешения для использования, и на мой взгляд это верно. В целом мне кажется для коронавируса лечение моноклональными антителами не имеет большого смысла. Как я выше писал - их следует давать очень рано, как только были обнаружены симптомы (или даже раньше), но на этой стадии непонятно, будет ли человек среди 80% которые переносят инфекцию легко, или среди 20% которые требуют госпитализации. Многочасовое вливание антител - это сомнительное удовольствие, на которое вряд ли много кто пойдет.

Но вот Трампу влили, даже без авторизации FDA. В принципе это имело смысл, потому что его протестировали и обнаружили вирус еще даже до наступления симптомов, т.е. как раз на самой ранней стадии, когда эти антитела еще имеют шанс сработать. Но по одному человеку конечно невозможно будет судить о том, был ли от них какой-либо эффект.