Офигенная вещь - Paolo Nutrini "Iron Sky"

Да, я пропустил  в своё время эту офигенную вещь, когда она вышла в составе альбома Caustic Love 2014 г.. В середине песни возникает знаменитый спич Чарли Чаплина из его фильма "The Great Dictator" (1940)


Lyrics

We are proud individuals living on the city
But the flames couldn't go much higher
We find gods and religions to
To paint us with salvation
But no one
No nobody
Can give you the power
To rise over love
And over hate
Through this iron sky
That's fast becoming our minds
Over fear and into freedom
Oh, that's life
Left dripping down the walls
Of a dream that cannot breathe In this harsh reality
Mass confusion spoon fed to the blind
Serves now to define our cold society
From which we'll rise over love
Over hate From this iron sky
That's fast becoming our minds
Over fear and into freedom
You just got to hold on!
You just got to hold on!
Oh oh oh oh

(To those who can hear me,
I say, do not despair

The misery that is now upon us is but the passing of greed
The bitterness of men who fear the way of human progress
The hate of men will pass, and dictators die
And the power they took from the people will return to the people
And so long as men die, liberty will never perish
Don't give yourselves to these unnatural men
Machine men with machine minds and machine hearts!
You are not machines, you are not cattle, you are men!
You, the people, have the power to make this life free and beautiful
To make this life a wonderful adventure
Let us use that power! Let us all unite!)

And we'll rise over love
And over hate
Through this iron sky
That's fast becoming our minds
Over fear
And into freedom Into freedom!
From which we'll rise over love
And over hate Through this iron sky
That's fast becoming our minds
Over fear and into freedom Freedom!
Oh, from which we'll rise over love
And over hate
Through this iron sky
That's fast becoming our minds
Over fear and into freedom
Freedom! Freedom! Rain on me! Rain on me!

Серия подкастов про ученых, PhD и постдоков и их карьерные переживания и траектории

Два парня, ныне работающие в Канаде (оба PhD по химии, но оба сейчас уже не в академии после западных PhD и нескольких постдоков) рассуждают не о чистой науке, а о переживаниях, трудностях и особенностях карьеры на траектории PhD - postdoc - что-то еще (академия или в широком смысле "индустрия"/бизнес).

Первый выпуск о них самих, а второй и последующие (всего в первом сезоне 8 шт - второй сезон планируют начать осенью 2020 г.) были с приглашенными гостями.

На мой взгляд очень откровенно и интересно. И необычно, тк. обычно ты и твоя судьба на фоне науке спрашивающим (часто журналистам) не интересны и хотя только инфотеймента. А тут именно про людей - какие мотивации и сложности у людей, делающих международную карьеру в науке и в бизнесе. Что движет ими на разных этапах. Какие бывают варианты. Какие за и против у этих вариантов. И всё на примере конкретных довольно молодых людей. Всё не послушал, но уже послушал 4 выпуска. Пока нравится.

Ссылка на youtube channel playlist (см выпуски Significant Figures)

В качестве тизера - вот несколько выпусков

S1E1
Истории самих соведущих - Амир Хабибуллин и Гриша Молев (ЖЖ последнего тут)



S1E2 Дмитрий Мадера, биотех в США и России (Дмитрий сейчас в Biocad)


S1E3 Александра Борисова (сейчас научный журналист)
portret
  • shvarz

Как коронавирус борется с иммунной системой

Где-то в комментах дали ссылку на вот эту довольно интересную статью:
Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2

По меркам РНК вирусов, геномы коронавирусов довольно большие - 30К нуклеотидов, что позволяет им кодировать довольно большое количество белков. Один из этих белков NSP1 значительно варьирует по последовательности и по размерам, но имеет одинаковое свойство, а именно - блокирует в зараженных клетках трансляцию.

Вкратце напомню: наши гены закодированы в ДНК, которая находится в ядре, с ДНК снимаются копии РНК, РНК идет в цитоплазм, где рибосомы транслируют РНК и по ним синтезируют белки, которые собственно и отвечают за практически все строение и функции клеток.

Зачем коронавирусам блокировать трансляцию, ведь клетка от такого блока довольно быстро умрет? Точно не известно, но одна из теорий заключается в следующем. В клетках существуют сенсорные механизмы, которые по разным признакам детектируют появление в ней вируса, и в ответ запускают производство интерферона. Интерферон это сигнальная молекула и он действует как на саму зараженную клетку, так и на все другие клетки поблизости и запускает огромное количество самых разных антивирусных механизмов. Однако большинство этих механизмов не активируются моментально а требуют экспрессии генов, кодирующих соответствующие белки. Я точно не помню, но что-то вроде 10 процентов всех наших генов это гены, которые активируются в ответ на интерферон и производят белки отвечающие за антивирусные системы. Отсюда ответ очевиден - нет трансляции, нет и антивирусных белков, и коронавирус может делать в клетке что хочет.

ОК, теперь собственно к статье. На самом деле самое интересное я уже рассказал, в статье уже собственно детали, в которые я вдаваться не буду, покажу лишь самую интересную картинку из нее.

Авторы добавляют Nsp1 к части рибосомы с которой он связывается (это показано в предыдущих экспериментах, которые я пропустил) и используют криоэлектронную микрофотографию чтобы определить структуру получающегося комплекса. Это довольно крутой метод, разработанный в последние лет 10, который позволяет собирая информацию с тысяч фотографий (с довольно низким разрешением) получать детали молекулярной структуры с разрешением до атома. И вот что они видят:



Про Nsp1 известно, что он состоит из большой глобулярной части от которой тянется гибкий "хвостик" с небольшой "кисточкой" на хвосте, состоящей из двух спиралей. И вот на этой структуре видно что у канал рибосомы, в который обычно заходит РНК, физически "заткнут" этой "кисточкой" белка Nsp1, что не дает туда войти РНК и таким образом блокирует трансляцию. Остальную часть Nsp1 разглядеть не удается, видимо потому что гибкий "хвост" дает возможность основной части белка болтаться как попало (т.е. она не находится в какой-то конкретной позиции, которую можно было бы определить) но вот эта кисточка там сидит очень уверенно и авторы потом даже определяют какие конкретные ее аминокислоты взаимодействуют с аминокислотами в канале.

Некоторые (особо умные) читатели уже наверно сообразили что у этого вирусного механизма борьбы с иммунным ответом есть одна большая проблема - вирусу для репликации и производства новых вирусных частиц тоже нужны белки, а значит и трансляция. Но у вируса похоже все "продумано" - каким то образом его собственная РНК обходит этот блок, видимо что-то вынимает хвост Nsp1 из рибосомы, и позволяет синтез вирусных белков. Но вот каким - никто пока не знает.

Учу DeepLabCut - крутой deep learning фреймворк на Python для pose estimation

DeepLabCut (DLC) - это open source проект, использующий deep learning для автоматического видео трекинга человека, животных или даже любых иных объектов (живые клетки, частички, неодушевленные объекты), и не просто трекинга "центр массы объекта" (это сейчас могут многие проги типа пакетов в R), а "умное" распознавания частей тела на каждом фрейме. При чем большой прорыв тут в том, что никаких прикрепленных markers, потенциально изменяющих поведение, не нужно, т.е. это markerless approach.

DLC - это разработка быстро растущего коллектива девелоперов, изначально вокруг такого чувака Alexander Mathis (постдок из Harward University и скоро завлаб в EPFL (École polytechnique fédérale de Lausanne), Швейцария) и его жены Mackenzie W. Mathis, но теперь проект набирает скорость и популярность, подключаются новые разработчики.

Демонстрация возможностей DLC для автоматического определения "скелета" позы множества животных (при этом вы обучаете программу делать определение поз только на некоторых фреймах - модель далее применима на множестве новых видео с разным количеством животных, при несколько разных углах и освещениях)


дрозофила откладывает яйца


Презентация проекта от создателя


На рынке есть некоторые, даже иногда довольно развитые, программные продукты для video tracking, но они с проприетарными и негибкими алгоритмами, часто заточенными на pre-clinical trials и популярных модели типа крысы/мыши. К тому же они неоправданно дорогие (например EthoVision от Noldus начинается от 5000 фунтов и далее по 1,5k за допмодули). Эта платформа бесплатна и чрезвычайно гибкая. Есть GUI, но в целом нужно или очень желательно знать Python. Конечно есть проблемы и документация вызывает вопросы, но в целом всё круто.

Мы планируем использовать DLC для нескольких проектов для оцифровки сложных поведенческих актов у животных (например, сканирующие движения головы у птиц в изменяющемся магнитном поле или расположение разных частей тела у рыб в одиночку или в стае).

Проект с документацией, тьюториалами выложен на Github, а еще есть отдельный информационно-демонстрационный сайт.

Как заставить муху изменять поведение и делать трюки на расстоянии лазерным лучем

Нужно

1) сделать линию дрозофилл со специальными оптогенетически контролируемыми "метками" в соответствующих нейрональных популяциях мушиного мозга (например, в популяции нейронов, ответственных за поведение ухаживания за самками - "крылья расправляются в стороны", или в нейронах, заставляющие муху пятиться назад и т.п.)

2) сделать лабораторную установку, в которой программа следит за перемещающейся мухой в реальном времени и направляет на нее луч лазера. Последний нагревает нужные нейроны, активируя их и вызывая соответствующее поведение, или не нагревает из (поведение "выключается").



Смотрим, что получается сделать с мухой (видео аж 2013 г., из лаборатории Andrew Straw, Uni Freiburg)



References
Bath DE*, Stowers JR*, Hörmann D, Poehlmann A, Dickson BJ, Straw AD (2014) FlyMAD: Rapid thermogenetic control of neuronal activity in freely-walking Drosophila. Nature Methods. doi 10.1038/nmeth.2973
Flymad website at flymad.strawlab.org and the paper at www.nature.com/doifinder/10.1038/nmeth.2973

Это только один (и не очень свежий) пример, но мораль в том, что какое же, imho, нынче крутое сейчас время в behavioural neuroscience!

И о Шри-Ланке

Почитал тут на Republic про ситуацию на Шри-Ланке

Вот допустим про дела с тамилами на севере острова, которые долгое время контролировали часть территории, а в 2008 г. их забило центральное правительство, но которое очень быстро стало семейным кланом со "своими" на ключевых постах, узурпировала власть, изменило конституцию, забило независимые сми и вот это вот всё. И что-то мне это всё ужасно напоминает, а?




Эх, при таких выпуклых, прямо на глазах разворачивающихся примерах во многих уголках планеты, напоминаешь себе отнюдь не свою мысль, что бОльшая часть населения Земли вот примерно в таких условиях и живет и еще будет жить (до конца моих днех точно), когда вокруг махровый авторитаризм (сейчас уже кроме Северной Кории нигде тоталитаризма нет - всё стало чуть "гибриднее"), узурпация власти, контроль через негласные договоренности своих, дичайший уровень коррупции и неравенства, прикриваиваемый "военными победами над врагами" и "стабильностью", борьбой за великость нации, а на деле это запугивания и контроль над сми и прочие прелести. Так что если это в каких-то странах не так (а такие есть, что бы там не говорили, но в них живет меньшинство, не лучшее и не худшее, а просто так для них сложилось в том числе в силу статистически говоря некоторых random factors), и тебе случилось в таких условиях жить, то хорошо бы иногда себе напоминать, что такие иные условия не нужно take for granted, что за них нужно бороться, что это не приятные доп.опции, и что эти условия (т.е. сменяемость власти, реальная политич конкуренция, сосуществования относительно равновесных медиа, относительно "прибитая" к земле коррупция) дорогого стоят и являются результатом многовекового пути через вот это вот всё - через кровь, террор, переодические узурпации власти, контролируемые суды, и что отклонения в те или иные стороны очень даже возможны и происходят и будут происходить. И что поддерживается такой колеблющийся баланс каждодневными невидимыми "боями", пускай словесными, судебными, медийными, разных сил между собой (условно Guardian vs Times, звонящие на BBC R2 каждодневно - я их слушаю - комментаторы с очень разными точками зрения, "бои" в Парламенте, на выборах и т.п.). Это динамическое равновесие, не равновесие, которые "раз и навсегда", равновесие с постоянным равнонаправленным усилиями разных сторон. И ворча на тему разных, как любит говорить мой немецкий приятель Давид, first world problems, полезно иногда смотреть на мировой контекст, чтобы видеть, как может быть по другому.

Необычные мутации коронавируса

Сегодня в рецензируемом научном журнале PeerJ у нас вышла статья по актуальной теме – публикация посвящена тому, как мутирует коронавирус, захвативший мир.

Прежде чем объяснять суть статьи напомню некоторые базовые вещи из курса молекулярной биологии (если вы владеете темой – переходите сразу к следующему абзацу). Итак, молекула ДНК представляет собой двойную спираль. Каждая из спиралей – это цепочка из четырех типов нуклеотидов, обозначаемых буквами A,T,G,C. В двойной спирали А ставится напротив Т, а G напротив С. Это называется принципом комплементарности, и он позволяет молекуле ДНК размножаться. Двойная спираль расплетается, и к каждой отдельной цепочке достраивается вторая по этому принципу. В итоге получается две двойные спирали. Копирование ДНК не идеально: иногда возникают случайные опечатки – мутации. Кроме того, с ДНК по этому же принципу комплементарности считываются одноцепочечные молекулы РНК, тоже состоящие из нуклеотидов. Нуклеотиды РНК обозначают буквами A,U,G,C. При синтезе РНК U ставится напротив А. Молекулы РНК используются для синтеза белков.

SARS-CoV-2 – вирус, наследственный материал (геном) которого представлен положительной, то есть используемой для синтеза белков, цепочкой РНК. ДНК у вируса нет. Мы заинтересовались, как изменился характер мутагенеза SARS-CoV-2 после того, как он перескочил к людям. Для этого мы взяли около тысячи полностью прочитанных геномов SARS-CoV-2 и посмотрели на этих данных относительные частоты уникальных одиночных мутаций, когда один нуклеотид A,U,G или C меняется на другой. Поскольку речь идет о разновидностях вируса человека, то все такие мутации произошли в ходе распространения вируса среди людей.

Для сравнения мы посмотрели на одиночные нуклеотидные замены между SARS-CoV-2 и родственными вирусами летучих мышей. Биоинформатические методы позволяют реконструировать предковый геном вируса. Отличия от этого предкового генома представляют собой замены, которые произошли до того, как вирус стал заражать людей. Аналогичные расчеты мы выполнили для двух других коронавирусов, которые перескочили от животных к людям: вируса атипичной пневмонии (SARS-CoV) и коронавируса HKU1.

Collapse )

portret
  • shvarz

Как нам жить дальше

Когда в марте-апреле позакрывали экономику и ввели обязятельное дистанцирование, у этого были три основные цели.

Во-первых, остановить распространение вируса который в НЙ на тот момент очевидно уже вышел из под контроля, а про другие штаты было непонятно, потому что отсутствовало тестирование. С этой задачей справились довольно успешно, медицинская система в НЙ прошла серьезный стресс, но выдержала. Я никогда не думал, что подобные меры могут совершенно остановить вирус и честно говоря все еще удивлен успехом в Китае и некоторых Европейских странах. С моей точки зрения это была экстренная мера.

Во-вторых, дать время медикам научиться обращаться с больными, может быть даже найти какие-то лекарства. Эта задача тоже более-менее была выполнена. Хоть прямых антивирусных препаратов найдено и не было, но какие-то подходы и лекарства снижающие тяжесть болезни и смертность были найдены. Поэтому в тех штатах где сейчас опять полыхнуло, смертность ниже чем при сравнимых темпах инфекции в НЙ в Апреле-Мае.

И, наконец, эта пауза давала время разработать планы того, как с этим вирусом в ближайшее время жить и, как минимум, собрать ресурсы необходимые для госпиталей, и для организации тестирования. Тут некоторые улучшения есть, но в целом я бы сказал что случился полный провал. Вместо того, чтобы инвестировать в организацию массового тестирования и отслеживания контактов, кучу денег бросили на поддержание фондового рынка. ИМХО, если бы эти же деньги были потрачены на борьбу с вирусом, то экономику поддерживать бы и не пришлось.

Так или иначе, ситуация с тестированием остается аховой. Даже врачи говорят о том, что результаты тестов иногда приходят дней через 10. У старшего сына в компании тестируют всех, но лишь каждые две недели, и результаты тоже последнее время приходят через 8-10 дней. Это 14+10=24 дня, т.е. 4-6 циклов передачи вируса. Когда приходит положительный результат, человек уже переболел, а его контакты за 24 дня отслеживать бесполезно. Толку от такого тестирования - ноль. Оно лишь дает картину о том, какова была ситуация с вирусом 1-2 недели назад, но не предотвращает распространение вируса.

С другой стороны, недавний эпизод TWiV навел на интересную идею, которой я тоже вполне проникся.

Вот тут она изложена вкратце:


Существуют уже разработанные и продающиеся тесты, которые детектируют вирусные белки в слюне. Они стоят примерно доллар и дают результат через 10 минут. Основной их недостаток - низкая чувствительность, т.е. среди образцов которые точно положительны на вирус, они дают положительный результат лишь в 50-70% случаев. Однако есть данные которые указывают на то, что упускают они в основном те образцы, в которых вируса очень мало, а значит эти люди скорее всего не так заразны, как те, которые эти тесты таки детектируют как положительные. Даже если эти данные не совсем верны, мне кажется это принципиально ничего не меняет.

Учитывая простоту и дешевизну этих тестов, их можно использовать каждый день (или хотя бы раз в два дня) для всех людей, которые идут на работу и для детей идущих в школу. Учитывая скорость получения результата, эти тесты будут отлавливать людей которые именно сейчас заражены и скорее всего наиболее заразны. Эти люди будут садиться на карантин и таким образом мы будем изымать из популяции распространителей инфекции. В принципе, даже отслеживание контактов при таком подходе не очень важно - эти контакты сами через 2-3 дня окажутся положительными и самоизолируются до того. Это должно существенно снизить R для вируса в популяции. И при таком тестировании можно открыть школы, университеты, а также разные бизнесы в которых люди должны приходить на работу физически.

Мне кажется это вполне может сработать и будет не так уж сложно или дорого организовать.

Peaky Blinders

Подсели с женой на сериал BBC Peaky Blinders и с упоениме смотрим уже 4-й сезон (из 5-ти). Криминальная драма на фоне бурных событий 1919-1929 гг., происходящих в послевоенной Британии (Бирмингем, Лондон and beyond). Семейная банда Shelby, вознезшаяся из gypsies from the scrap yard до вершин денег и власти (платя конечно, большую цену по дороге). Круговорот из гангстеров и рекетиров, букмейкеров, ирландских сепаратистов, социалистов, рабочих, заводов, продажных и честных полицейских, плюс относительно молодой Черчилль, ветераны Great War с их shell shock, лошадиные скачки, быстрые машины, сумасшедшие aristocratic Russians, итальянская вендетта, нищета и богатство, кровь, бесконечное курево, выпивка и много бесстрашных и красивых женщин. Ах да, и замечательный OST с громадами типа Nick Cave, Tom Waits, the White Stripes и прочие вкусности. Короче, всячески рекомендую.

Here is for a teaser

Trailer


Theme song - "Red Right Hand" by Nick Cave and the Bad Seeds


And a few more songs from OST


Если вы спросите true or not true story советую почитать вот например здесь.

Что за Red Right Hand у Ника Кейва?

Вики дает вот что (предупреждаю - это deep shit с корнями в античность :))):

"the phrase "red right hand" is from a line in John Milton's epic poem Paradise Lost that refers to divine vengeance. The opening song on the album, "Song of Joy," states of a murderer: "It seems he has done many, many more, / quotes John Milton on the walls in the victim's blood. / The police are investigating at tremendous cost. / In my house he wrote 'his red right hand'. / That, I'm told, is from Paradise Lost."

The aforementioned appearance in Paradise Lost (Book II, 170-174) is: "What if the breath that kindled those grim fires, / Awaked, should blow them into sevenfold rage, / And plunge us in the flames; or from above / Should intermitted vengeance arm again / His red right hand to plague us?".

The term itself appears to be Milton's translation of the term "rubente dextera" in Horace's Ode i.2,2-3
"