Category: наука

Category was added automatically. Read all entries about "наука".

GUI в Colab

Сообираюсь тут в июне на Keele Data Science seminars рассказывать о DeepLabCut и думаю на тему, как сделать вообще более user-friendly workflows. Пока они выглядят вот так.




Например, на этапе работе с Colab. Оказывается можно довольно легко делать GUI в Colab и вот тут это демонстрируется.

Член комитета ГосДумы по обороне говорит...

...на Ленте в новостях 2019 г. тут, что

"в условиях радиоэлектронной борьбы (РЭБ) вместо ГЛОНАСС и GPS предпочтительнее использовать навигацию по геофизическим (гравитационным и магнитным) полям. По его утверждению, практическая применимость результатов исследований магнитного поля «находится, мягко говоря, на недостаточном уровне»."

Заголовок дурацкий конечно и не соответствует действительности, т.к. разваливать было нечего. Вероятно такой системы никто еще и не имеет. Но забавный из серии "Эх, просрали все полимеры, снова ))))".



А если серьезно, то система навигации по магнитным полям разрабатывается и уже используется например для определения местоположения животных на основе wearable multi-sensor loggers. Этот способ навигации на порядке менее точный, чем любые GNSS и там свои проблемы, например, из-за Eath's magnetic field variation and disturbances из-за повышенной солнечной активности, но это направление развивается и используется так сказать гражданским сектором.

Magnetic set-up

Продолжаю строить свой собственный 3-axis magnetic set-up. Вообще-то на рынке они есть, но стоят turn-key продукуты такого рода (схожие по размеру) >£10,000 (и это без дополнительных блоков питания). Всё мелкосерийное и в основном для корпоративных клиентов (militaries, magnetic sensor engineering). Я на этапе "завершаю основной framework".

- напечатаны и проверены все 3d printing parts (красная/синия стрелки)
- куплен алюминиевые материал и hardware для его сборки (болты/гайки)
- дырки в алюминиевых уголках просто так без специального precision drilling machine не сделать, так что они просверлены фирмой на аутсорсе
- собрана вся конструкция, правда пока последний этап (сборка отдельных квадратов) просто cable ties и временно, чтобы увидеть результат и протестировать вхождение всех квадратов друг в друга.
- куплен дополнительный материал (толстые кабели питания, медный провод для накрутки, профессиональные коннекторы для запитывания системы и электроизоляционный материал - 2 вида специальной электроизоляционной пленки).
- написан калькулятор расчета количества витков для разных осей по параметрам (нужна напряженность, длина и сечение провода и т.п.)

Что осталось:
- приварить 6 скоб для крепления коннекторов питания (аутсорс компании, делающей алюминиевую сварку, алюм. уголки специально из сварочно-подходящего сорта алюминия).
- сделать winding jig (aka cable winding machine).
- намотать расчитанное количество витков на каждый квадрат, изолирую слои намотки пленками.
- собрать коннекторы для подключения кабеля питания на куб. концы медного провода подключены к коннекторам.
- приготовить 6 кабельный сборок для соединения коннектор-на-кубе к DC power supply.
- закупить 2 программируемых DC power supply (модели, недорогие и достаточные, уже известны и мы такие покупали и тестировали на предыдущем set-up).

Думаю работы на несколько месяцев, но зато потом можно будет масштабироваться. Будет понятен workflow, его "тонкие" места. Будет понятен бюджет, протоколы работы на каждом этапе и примерный timeline.

Найден протист с симбиотическими магнитотактическими бактериями

Я то думал, что недавняя гипотеза, объясняющая магниторецепцию позвоночных симбиозом с магнитотактическими бактериями МТБ (магнито-симбиотическая гипотеза), уж слишком натянута. Однако вот найден морской эукариот, протист из Средиземного моря, который образовал симбиоз с МТБ и таким образом передвигается по линиям магнитного поля. У него более сотни МТБ в клетке. Т.е. всё же водные эукариоты, но пока даже не обязательно многоклеточные, могут образовывать симбиоз с МТБ и приобретать магнитный компас на основе такого симбиоза. Может быть в процессе эволюции это было передано и многоклеточным, но нужно копать дальше.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31036911/




Илья Яблоков в гостях у Шихман - о книге "Русская культура заговора" и не только

Шихман взяла интересное, imho, интервью у Ильи Яблокова (в настоящее время Lecturer in  School of Languages, Culturies and Societies, Leeds University, UK - написать что-ли ему, может после lockdown выпьем вместе в Лидсе или Манчестера - вообще русских академиков в этих универах много). Илья - автор книги "Русская культура заговора" (книжку можно купить тут). На мой взгляд получился очень интересный исторический и культурный экскурс о зарождении и распространении культуры заговора с примерно17 века по настоящее время не только в России, а много еще где. Так же очень широкий географический контекст, т.к. конечно же культура теорий заговора - это продукт общемировой, быстро возникший и распространившийся с эпохи становления более менее секуляризованных и национальных государств. Существуют они везде и видимо продолжат существовать. Во многом это манифестация разного рода cognitive biases в этом новом контексте, продукт практики создания quick and dirty рабочих гипотез, на которые всегда есть спрос, ибо нужны хоть какие-то объяснения устройства мира и обоснования сложных и противоречивых событий и нахождения хоть какой-то более менее непротиворечивой конструкции со связями между событиями в условиях ограниченного доступы к информации и разного рода trust deficiencies. Понятно, что тут neuroeconomics and decision-making играют большую роль, т.к. речь идет о затратности и дороговизне практик создания более сложных и когнитивно более дорогих гипотез, пусть даже последние могут быть лучше в плане непротиворечивости, но при этом они просто prohibitively expensive для многих акторов, т.е. с бОльшим "входным барьером", и даже они будут редуцировать реальность (понятно, что часто это продукт оценки рода "ну как я буду с этим разбираться - а что там мой ЛОМ сказал? а там возмем as is или немного подправим - это приемлимая цена", ну а ЛОМ тоже взял у ЛОМа).

Размышления о значимости личного и "вселенского" в карьере ученого

Вот тут заслуженный и без дураков senior researcher на закате продолжительной и успешной международной карьеры рассуждает на тему, а что вселенная получила от его работы, где и что он в науке реально, без дураков и не для пускания пыли в глаза грантодателям, открыл (и как в итоге развивался реальный, а не напускной, impact всех этих открытий). Ну и контекста исторических примеров добавил для сравнения. Например, я не знал, что

"...вот раскопал, что равновесие мутации-отбор рассек еще Данфорд в 1918 году - а вовсе не Холдейн 20 годами позже - и что от этого Данфорду? В более высокий отдел Рая перевели? Тем более, что большого ума все эти мои достижения не требовали - это тебе не контрпример к принципу Карлина-Макгрегора - просто я оказался в нужном месте в нужное время - эволюционист, умеющий написать программу для выравнивания, когда длинные последовательности только появлялись."

[вероятно речь идет вот об этом]

Ну и это всё make you think о том, что такое реальная, а не из книжек, жизнь, карьера и legacy ученого, даже талантливого. В 20+ лет ты postgrad и бегаешь с выпученными глазами за мелкими работами и stipends. Страстно борешься за место в хорошей лабе, чтобы чему-то научиться и вот уже затем ты то уж make a difference, вооруженный этими знаниями, умениями и навыками. В 30+ ты понимаешь, что "теперь всё по взрослому" и изо всех сил борешься за право остаться в академии после PhD, пытаясь продать твои not so significant papers как можно дороже (и даже сам в это моментами верешь). Ты надеешься, что "вот получу постоянную позицию, а дальше уже будем поувереннее себя чувствовать и вот тогда уж реально серьезными вещами будем заниматься, а не постоянной гонкой, не боясь, что fix term contract заканчивается завтра". В 40+ ты на постоянной позиции после долгих лет борьбы, надежд и разочарований в ходе изматывающей job hunting и (not so) hopeful интервью, но теперь у тебя teaching (понятно, что это bread and butter университета, где ты работаешь, а иначе твои make a difference на хлеб не намажешь). У тебя уже семья, дом, ипотека, кот (черепаха, собака, а то и дети). И еще нужно приносить идеально нескончаемый поток грантов, чтобы buy out teaching time. К 50+ годам ты уже с длинным списком закончившихся грантов, (не)защитившихся под тобой PhD и побывавших у тебя постдоков (тех, которые продолжают "выжить любой ценой на еще одном fix term"). Оглядываясь назад, ты понимаешь, что из всего того, что реально было сделано, существенное вот в этой и может быть той статье. Но и они могли бы быть написаны и сделаны лучше, да и прогресс там маленький и был бы сделан без тебя вот той группой. И изменит ли это что-то в народном хозяйстве (пресловутый impact) - х.з. Скорее всего и нет или может быть в каком-то маленьком моменте и далеко за пределами той жизни, где ты это сможешь увидеть. Но ты понимаешь, что делал всё, что мог и нужно было подавать на очередной грант и защищать очередного аспиранта. Ну и вообще publish or perish. А вот те и эти реально интересные идеи были not sellable для грантодателей в той ситуации. Ну и к 60+ ты уже начинаешь "надавливать на тормоза", чтобы последние активные годы жизни прожить достойно и как-то еще пожить для себя (яблоневые сады повыращивать, попутешествовать и т.п.). Постепенно передаешь последователям руководство teaching modules и разными накопившимися admin jobs (они коненчо навалились к этому возрасту и уже давно не дают сконцентрироваться на науке) и уже видишь карьерную финишную черту. Уже примерно понятно, где ты смог make a difference и какой реальный, а не идеалистический, был и есть контекст той жизни, в которой ты хотел что-то реально изменить своей крошечной по ресурсам и по времени (в историческом контексте) индивидуальной активностью. Еще ты лавировал между уже давно забытыми (к чему это было вообще и почему было для меня значимо тогда? - х.з.) склоками с коллегами, подругами, женами, работодателями, грантодателями, банкирами (mortgage никто не отменял), студентами, аспирантами, постдоками, ректорами, начальниками и еще кем-то.

Короче, очень humbling рассуждения в этом посте, показывающие твое реальное место в истории и во Вселенной. А вообще я всем своим молодым коллегами говорю - вы поднимитесь над мелкотой и понимайте, что реальная задача то у человека одна - быть счастливыми. А дальше уже всё под эту задачу. Если несмотря на всё эта научная rat racing вам очень нужна для счастья, т.к. работа клерком еще хуже, то вот вам и ответ.

Замечательные научно-популярные подкасты Ильи Колмановского на YT - канал "Голый землекоп"

Илья всегда очень увлекательно говорит и пишет. Знаю его еще по "Снобу" начала 2010-х гг. Вот вам для затравки несколько его подкастов и интервью на YT канале Шихман о главных, на его взгляд, научных событиях 2019 г. и 2020 гг.

Канал "Голый землекоп" и один из подкастов ниже

Голый землекоп - сезон 1, сезон 2.


Колмановский у Шихман.
Научные новости 2019 г.:
зачем учёные клонируют мозги, ЛСД по рецепту и что такое нейросети?


Научные новости 2020 г.:
самые злые бактерии, краб-трансгендер, новый инсулин, голоса давно вымерших птиц

Эволюция и расселение гоминид на планете

Среди научных итогов 2020 г. отсюда (за paywall)

Вероятно 8 в смысле что где-то 300,000 лет назад +/- 20,000 на Земле одновременно жили
Homo sapiens, H. neanderthalensis, H. erectus, H. rhodesiensis, H. naledi, H. denisova, H. heidelbergensis, H. antecessor.

А чтобы лучше понять эту сложность, приемственность, пространственность и динамику, а еще в контексте изменения климата и разных landmark events типа бипедальность и появление орудий и огня - вот еще вам пара интерактивных визуализаций.

С сайта Смитсоновского института

По ссылке пройдите и покликайте-почитайте
https://humanorigins.si.edu/evidence/human-evolution-timeline-interactive



А здесь можете посмотреть, что на самом деле такое однообразие видов Homo на планете - явление очень недавнее
https://www.youtube.com/watch?v=pm-QKCmAY8E

Мутация в одном гене увеличила размер коры головного мозга у человека и других приматов

Экспериментальное исследование группы из MPI of Molecular Cell Biology and Genetics показали, что у плода мармозетки вставка человеческого гена ARHGAP11B приводит к значительному увеличению складчатости и размера коры головного мозга (кгм, cortex). Эксперименты проводились только на эмбрионах обезъян. Статья вышла в Science в июле (ссылка на оригинал, и ссылка на связанную статью про ARHGAP11B). Вероятно всего мутация по крайней мере в этом гене (возможно не только в этом) где-то 0,5-1,5 млн лет назад привела в конечном итоге к появлению большой к.г.м. в эволюции H. sapiens и сестринских видов. Интересно, что произошло это до появления неадертальцев и денисовцев, т.е. у всех трех видов эта мутация уже присутствовала и все три имели большой мозг и большую кору.

Популярное изложение статьи на русском
Популярное изложение статьи на английском на IFLScience





Конфликт интересов у ученых

В Republic.ru рецензия на книгу ученого-физика Сабины Хоссенфельдер (р. 1976). Она руководитель лаборатории темной материи Франкфуртского института перспективных исследований (FIAS), принадлежит к поколению ученых, почти не заставших «золотой век» физики элементарных частиц – триумфальное XX столетие, когда, собственно, и было сделано большинство великих открытий в этой области.
Книга "Уродливая Вселенная" выходит в декабре.




И о конфликте интересов. Я это тоже наблюдаю в своей области, где например лаборатория моего руководителя PhD занимается уже почти 20 лет развитием гипотезы, которая на заре ее разработки (начало 2000х гг) была интересна, но она по честноку "не работает" в том смысле что она так и не была подтверждена экплицитно никакими экспериментальными исследованиями - ни их собственными, ни иными. Есть интересные результаты, которые косвенно указывают на новые интересные идеи, но их мало кто обсуждает. Многие всё еще живут в рамках "гипотеза хорошая - просто так мы бы ее не обсуждали 20 лет". И несмотря на это, гипотеза популярна и без ее обсуждения или упоминания сложно опубликоваться или получить грант. Гипотеза продвигается лабораторией (довольно влиятельной в нашей небольшой области исследований) и выступать напрямую с докладами или статьями, говоря, ну да, была интересная гипотеза в начале 2000-х гг., но так и не получила прямых доказательств и требует кардинального пересмотра - это будет означать, что ты рискуешь сделать себе врагов-рецензентов до конца научной карьеры и сложнее будет публиковаться и возможно получать гранты. Уверен, что свожая ситуация во многих научных областях.